Universitas Muhammadiyah Yogyakarta (UMY) berhasil mencatatkan namanya sebagai universitas terbaik urutan ke-16 di Indonesia versi Webometric. UMY berhasil masuk ke jajaran 20 besar universitas terbaik di Indonesia berkat peningkatan point di 4-aspek yang menjadi indikator penilaian di Webometric, yaitu SIZE, VISIBILITY, RICH FILES dan SCHOLAR. Per-Desember 2011, UMY memiliki point SIZE sebesar 2069, VISIBILITY sebesar 1140, RICH FILES sebesar 2158 dan SCHOLAR sebesar 1835. Nilai yang cukup tinggi untuk membawa UMY menjadi PTS terbaik ke-2 se Indonesia. Adapun untuk tingkat Asia Tenggara dimana terdapat ratusan universitas terbaik di masing-masing negara, UMY berada di peringkat 51.
 |
 |
Selain Webometric, website lain yang mengurutkan peringkat universitas terbaik didunia adalah 4icu.org. Situs ini selain menampilkan rangking Perguruan Tinggi seluruh dunia, juga menampilkan review profil singkat tiap universitas. Seperti kapan universitas itu berdiri, alamat, program studi apa saja yang tersedia, dll. Di 4icu.org sendiri, UMY meraih peringkat ke-11 Universitas Terbaik Di Indonesia.
Berikut ini peringkat 25 besar universitas terbaik di Indonesia versi webometric dan 4icu:
Webometric 4icu
| No | Perguruan Tinggi | No | Perguruan Tinggi | |
| 1 | University of Indonesia | 1 | Institut Teknologi Bandung | |
| 2 | Institute of Technology Bandung | 2 | Universitas Gadjah Mada | |
| 3 | Universitas Gadjah Mada | 3 | Universitas Indonesia | |
| 4 | Gunadarma University | 4 | Institut Pertanian Bogor | |
| 5 | Bogor Agricultural University | 5 | Universitas Gunadarma | |
| 6 | Universitas Negeri Malang | 6 | Universitas Diponegoro | |
| 7 | Petra Christian University | 7 | Institut Teknologi Sepuluh Nopember | |
| 8 | Universitas Muhammadiyah Malang | 8 | Universitas Pendidikan Indonesia | |
| 9 | Institut Teknologi Sepuluh Nopember | 9 | Universitas Sebelas Maret/td> | |
| 10 | Diponegoro University | 10 | Universitas Sumatera Utara | |
| 11 | Andalas University | 11 | Universitas Muhammadiyah Yogyakarta | |
| 12 | Universitas Sebelas Maret | 12 | Universitas Padjadjaran | |
| 13 | Airlangga University | 13 | Universitas Brawijaya | |
| 14 | Universitas Sriwijaya | 14 | Universitas Muhammadiyah Malang | |
| 15 | Brawijaya University | 15 | Universitas Kristen Petra | |
| 16 | Universitas Muhammadiyah Yogyakarta | 16 | Universitas Negeri Malang | |
| 17 | Universitas Islam Indonesia | 17 | Universitas Mercu Buana | |
| 18 | Universitas Muhammadiyah Surakarta | 18 | Universitas Islam Indonesia | |
| 19 | Universitas Sumatera Utara | 19 | Universitas Bina Nusantara | |
| 20 | Universitas Mercu Buana | 20 | Universitas Sriwijaya | |
| 21 | Indonesia University of Education | 21 | Universitas Komputer Indonesia | |
| 22 | Electronic Engineering Polytechnic Institute of Surabaya | 22 | Universitas Negeri Semarang | |
| 23 | Universitas Padjadjaran | 23 | Universitas Airlangga | |
| 24 | Yogyakarta State University | 24 | Universitas Muhammadiyah Surakarta | |
| 25 | Universitas Lampung | 25 | Universitas Negeri Yogyakarta |
