Di Yogyakarta ada salah satu perguruan tinggi swasta yang menjadi Universitas Terbaik di Indonesia urutan 16, yaitu Universitas Muhammadiyah Yogyakarta. Perguruan tinggi ini menjadi universitas terbaik I untuk PTS di Yogyakarta. Di bawah ini daftar urutan berdasarkan penilaian Webometrics Ranking of World Universities yang masuk kedalam universitas terbaik diIndonesia:
1. Universitas Indonesia (UI)
2. Institut Teknologi Bandung (ITB)
3. Universitas Gadjah Mada (UGM)
4. Universitas Gunadarma
5. Bogor Agricultural University ( IPB)
6. Universitas Negeri Malang
7. PetraChristianUniversity
8. Universitas Muhammadiyah Malang (UMM)
9. Institut Teknologi Sepuluh Nopember
10. Universitas Diponegoro
11. Universitas Andalas
12. Universitas Sebelas Maret
13. Universitas Airlangga
14. Universitas Sriwijaya
15. Universitas Brawijaya
16. Universitas Muhammadiyah Yogyakarta
17. Universitas IslamIndonesia
18. Universitas Muhammadiyah Surakarta
19. Universitas Sumatera Utara
20. Universitas Mercu Buana
Empat komponen yang menjadi indikator dari penilaian Webometrics ini, yaitu: Size (20%), Visibility (50%), Rich Files (15%), dan Scholar (15%).
